多元变量统计分析平台最新版软件SIMCA16教程详解 |
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之前小编出的教程还是SIMCA14.1的，时隔三年多了，SIMCA已经更新到SIMCA16版本了，很多老师买软件之后都询问有没有配套的教程，那么今天小编就告诉大家一个好消息，我们将陆续针对SIMCA16版本出相应的分析教程哦，其中包括常规的PCA\OPLS-DA\PCA-class\OPLS等，大家尽请期待吧。那么今天小编先给各位老师介绍SIMCA最常用的组学分析PCA/OPLS-DA分析。
该实验是使用GC-MS平台来研究经过基因修饰的杨树的表达情况，基因修饰发生在PttPME1基因上，该基因控制果胶甲基酯酶合成（PME）。实验共分为三组，对照组（WT），PttPME1基因上调组（2B）和PttPME1基因下调组（L5）。实验结果经预处理后如下表所示：
数据导入
实验数据经过预处理后，可导入SIMCA软件进行相应的分析操作： 首先是PCA模型 这里我们选择Scaling方式为Ctr，Par和UV也是可以的： 1.Ctr是将原数据转化成离原点更近的新数据，Ctr=x-x拔； 2.UV是将所有变量拥有同等的重要性，UV=x-x拔/SD； 3.Par相比UV更接近原始测量数据，Par=x-x拔/根号SD； 这里可以根据数据情况选择合适的Scaling方式。 OPLS-DA分析（以L5 VS WT为例) 为了检验OPLS-DA有无过拟合，进行随机分组200次的置换检验。 VIP数值已导出，按照常规筛选差异物方法VIP>1 P1 P |
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